Os documentos são organizados por unidade ou são da organização inteira?

São da organização inteira. Não existe, no sistema, um documento vinculado especificamente a uma unidade — todo arquivo enviado pelo "Gerenciador de Arquivos" pertence à organização como um todo, organizado por pastas e categorias (ver Como organizo meus arquivos em pastas e categorias?), não por unidade.

Isso é diferente, por exemplo, do histórico de visitas, que pode ser filtrado por unidade — no módulo de Documentos, a organização lógica é sempre por pasta/categoria, nunca por unidade específica.

Quem pode fazer isso

Quem pode fazer isso: como os documentos são da organização inteira, o acesso a eles depende das regras gerais de permissão do módulo, não de qual unidade a pessoa mora. Ver Quem pode ver e gerenciar os documentos da organização?